Le Directoire réunit des représentants scientifiques de chaque composante ; il a pour mission d’impulser des orientations, de veiller à leur mise en œuvre et de procéder à leur évaluation.

Le Conseil d’orientation stratégique, présidé par Alain Poirier, comprend dix personnalités extérieures, à l’expertise complémentaire, internationale, dont les missions consistent à aider à la définition d’une trajectoire, à exercer un regard critique sur les actions, à être force de propositions et à être relais vers la société.